Espécies de peixes
Nativas
Na Bacia do São Francisco existem várias espécies de peixes migradores, já foram identificadas 152 espécies de peixes nativos da bacia. Entre elas as mais importantes nos rios e lagoas naturais da bacia destacam-se as migradoras, curimatã-pacu, dourado, surubim, matrinxã, mandi-amarelo, mandi-açu, pirá e piau- verdadeiro, e as sedentárias, pacamão, piau-branco, traíra, corvinas, piranha-vermelha e piranha-preta.
Outras espécies
Encontra-se ainda, muitas espécies de outras bacias hidrográficas, ou mesmo espécies exóticas, entre elas os tucunarés, colocados nos reservatórios de Três Marias e Itaparica, a pescada introduzida em Sobradinho, além de diversas outros peixes colocados na bacia como experimentos de cultivo que são carpas, tilápias, tambaqui, pacu-caranha, apaiari e o bagre-africano.